Dmitry Korkin

Korkin於1999年以優異成績獲俄羅斯莫斯科國立大學（Moscow State University）應用數學碩士學位。⁠[1]

2003年，他在加拿大University of New Brunswick獲博士學位，導師為Lev Goldfarb，博士論文題為“A new model for molecular representation and classification: Formal approach based on the ETS framework”（一種分子表示與分類的新模型：基於ETS框架的形式化方法）。⁠[2]

在University of California, San Francisco從事博士後研究期間，他與Fred P. Davis、Andrej Sali在Protein Science發表論文，基於結構域相互作用數據庫PIBASE分析1847個SCOP結構域家族，發現其中72%的家族蛋白結合位點的位置集中程度高於隨機預期。⁠[3]

2009年6月，時任University of Missouri信息學研究所助理教授的Korkin獲美國國家科學基金會（NSF）為期五年、金額61.3萬美元的CAREER獎，用於以計算方法研究大豆胞囊線蟲的分子擬態，並與該校Melissa Mitchum合作以實驗驗證預測的結合位點。⁠[4]

2014年4月11日，Nature Communications在線發表由UC San Diego的Lilia Iakoucheva主持、Korkin參與署名的研究，研究人員從人腦分離出數百個自閉症基因的剪接變體並篩查其蛋白相互作用；加入新剪接形式後，網絡中的相互作用數量翻倍。⁠[5]

2014年8月，Korkin加入Worcester Polytechnic Institute（WPI）；此前他是University of Missouri-Columbia的終身副教授，並曾在UCSF和Rockefeller UniversityThe Rockefeller UniversityThe Rockefeller University 是位於美國紐約曼哈頓上東區的生物醫學研究型大學，以科學研究和研究生教育為主，前身是 John D. Rockefeller 創辦的 Rockefeller Institute for Medical Research。點擊查看完整詞條從事博士後研究。他後來接替Liz Ryder出任WPI生物信息學與計算生物學（BCB）項目主任。⁠[6]

2015年10月，NSF向WPI撥款76.8萬美元，支持Korkin主持的為期三年的項目，用算法分析海量基因組數據，尋找不同物種共有的保守基因組片段（他稱為LIMEs）；他表示，團隊開發的“cache-oblivious”（緩存無關）算法在早期結果中帶來約千倍的效率提升。⁠[7]

2017年10月，WPI介紹，Korkin團隊利用Microsoft HoloLens頭顯以三維方式呈現蛋白質相互作用網絡，用來研究與癌症、糖尿病等疾病相關的基因和蛋白如何相互作用；他稱該系統是交互式檢索信息的工具。⁠[8]

2020年2月，時任WPI計算機科學副教授、BCB項目主任的Korkin與研究生團隊，利用美國國家生物技術信息中心公佈的病毒基因組，構建新冠病毒（2019-nCoV）主要蛋白及其與人類蛋白相互作用的三維結構模型，並在實驗室網站免費公開數據，他表示任何人都可下載使用。⁠[9]

2020年4月1日，Korkin與Suhas Srinivasan等八名合作者在Viruses第12卷第4期發表論文，整合公共數據庫中相關冠狀病毒的數據，給出SARS-CoV-2的結構基因組學與相互作用組學路線圖，並推斷其與SARS冠狀病毒在功能上的異同。⁠[10]

WPI介紹，論文的初步結論包括：新冠病毒蛋白相對SARS的變化常在蛋白表面成簇出現；人類抗體針對的刺突蛋白區域與SARS差異很大，現有SARS疫苗可能無效；而早期SARS抗病毒候選藥物的靶區基本保持完整，或可重新利用。⁠[11]

他做客Lex FridmanLex FridmanLex Fridman 是生於蘇聯、在美國長大的計算機科學家和播客主持人，任 MIT 研究科學家，研究人機交互與自動駕駛。他主持的 Lex Fridman Podcast 以數小時長篇對話著稱，嘉賓包括多國領導人和科技企業領袖。點擊查看完整詞條 Podcast第90期，話題包括COVID-19、SARS與病毒生物學，以及如何用計算方法理解病毒蛋白結構與功能、助力抗病毒藥物和疫苗研發。⁠[12]

他再次做客該節目第153期，話題包括蛋白質與刺突蛋白、病毒突變、蛋白質進化、生命起源、Joshua Lederberg與Dendral專家系統，以及AlphaFold 2。⁠[13]

2023年，他與Maksim Kitsak等人在Nature Communications發表論文，發現蛋白質相互作用網絡和互聯網等大型真實網絡中的最短路徑遵循潛在雙曲幾何規律，即使網絡大部分連接缺失也能據此識別最短路徑節點，並將方法用於細胞通路重建。⁠[14]

2023年2月，Korkin領導的WPI與McLean Hospital聯合團隊完成一項為期三年的研究，以人工智能預測患有特定創傷相關障礙女性的自殺風險，利用該院123名女性患者的數據準確預測了自殺史；研究由Julia Kasparian神經科學研究基金髮起並資助。⁠[15]

截至2023年4月，Korkin任WPI Harold L. Jurist ’61 and Heather E. Jurist Dean’s Professor of Computer Science，已卸任BCB項目主任並開始學術休假；他主持一項NIH資助的可變剪接研究，並曾與McLean Hospital合作。他表示，計算方法的成本比實驗方法低幾個數量級。⁠[16]

2024年4月9日，Nature Neuroscience發表Weill Cornell Medicine的Hagen Tilgner主持、Korkin參與署名的研究，研究人員以單細胞長讀長測序繪製小鼠和人腦不同腦區、細胞類型與發育階段的mRNA異構體圖譜。⁠[17]

WPI介紹，Korkin主持一項由NIH資助、為期四年、金額130萬美元的項目，與University of Virginia的Gloria Sheynkman合作，結合高性能計算與實驗，開發預測蛋白異構體穩定性與功能的計算工具。⁠[18]

他還獲M&H Foundation 10萬美元資助，用於支持其實驗室成員的跨學科研究。⁠[19]

X：公開賬號：https://x.com/dmkorkin（在新窗口打開）⁠[12]

University of Missouri：官網：https://missouri.edu/（在新窗口打開）⁠[4]

Worcester Polytechnic Institute：官網：https://www.wpi.edu/（在新窗口打開）⁠[9]